• Le Sud fit jadis partie de la Confédération des Séquanes, entre Doubs, Saône et Rhône ; les Douraques et les Lingons peuplaient le Nord.
• Les Romains y établirent une province, dite Cinquième Lugdunaise ou Grande Séquanaise.
• Pendant le haut Moyen-Âge, la province sera d’abord envahie par les Allamans, puis par les Burgondes après 460. Au VIe siècle, les Warasques, originaires de Bavière, s’établirent sur le moyen plateau entre Mandeure et la vallée de la Loue.
• La Franche-Comté fit alors successivement partie des royaumes de Burgondie, de Lothaire Ier, de Charles de Provence, d’Italie, de Louis II de Bosson, et des Deux Bourgognes (1032). Elle passa ensuite au Royaume de Germanie puis à l’Empire.
• Dès 951, elle fut un comté particulier sous le nom de Comté de Bourgogne.
• Les principaux comtes héréditaires seront : Otte-Guillaume (995-1026), Guillaume le Grand (1057-1087), Renaud III (1126-1148), Otton (1190-1200).
• En 1156, Béatrix, fille de Renaud III, épousa l’Empereur Frédéric Ier Barberousse et gouverna le Comté de Bourgogne avec lui.
• En 1307, Jeanne de Bourgogne, fille d’Othon IV et de Mahaut d’Artois, épousait Philippe de Poitiers, roi de France sous le nom de Philippe V le Long. Ils prirent possession du Comté en 1315.
• En 1330, leur fille Jeanne de France apportait la province en dot à son mari, Eudes IV, duc de Bourgogne : c’est la première réunion des deux Bourgognes.
• Réuni de nouveau à la couronne de France en 1361 à la mort de Philippe de Rouvre, le Comté fit partie de l’apanage donné par le Roi Jean le Bon à son fils Philippe le Hardi, premier duc Valois de Bourgogne, époux de Marguerite de Flandres.
• Dès lors, la Franche-Comté suivit le sort du duché de Bourgogne jusqu’en 1477. Elle en fut séparée comme fief féminin et germanique, portée dans la maison de Habsbourg par le mariage de Marie de Bourgogne, fille de Charles le Téméraire, avec l’empereur Maximilien Ier (traité de Senlis en 1493). Elle restera dans la Maison d’Autriche jusqu’en 1668.
• Le traité des Pyrénées (1659) promit ce riche fief en dot à Marie-Thérèse d’Autriche, femme de Louis XIV, mais cette clause ne fut pas exécutée.
• En février 1667, pendant la guerre de Dévolution, Louis XIV, Condé et Vauban, avec 20 000 hommes, emportent Besançon, Salins et Dôle. La Franche-Comté est soumise en trois semaines.
• Le traité d’Aix-la-Chapelle, en 1668, rendit la province à l’Espagne.
• En 1674, avec cette fois 25 000 hommes, Louis XIV reprend la Franche-Comté. Le traité de Nimègues, en 1678, l’annexe définitivement à la France.